南京审计大学的学科布局覆盖经、管、法、文、理、工。“十二五”期间，学科建设坚持“凸显品牌、强化特色、推进交融、协调发展”，以“优势学科、重点学科、学位点建设”为抓手开展学科建设，全面提高学术队伍、科学研究、社会服务、人才培养以及公共服务体系的水平，不断提升学科的核心竞争力、社会影响力和国际化水平，更好满足创新人才培养的需求。

围绕构建“大审计平台”，初步建成审计品牌凸显、工商管理特色鲜明、应用经济学优势突出、理论经济学基础厚实，公共管理、法学、数学、管理科学与工程、计算机科学与技术等学科支撑有力，马克思主义理论、英语语言文学、中国语言文学等基础性学科作用显著，各学科交叉融合、协调发展的学科体系。

经过多年建设，“审计科学与技术”、“现代审计科学”先后入选江苏高校优势学科建设工程一、二期项目，“应用经济学”入选江苏高校优势建设工程重点序列学科，“理论经济学”入选江苏省重点（培育）学科，“公共管理”、“法学”、“统计学”等入选江苏省重点建设学科；拥有“审计信息工程”、“公共工程审计”、“金融工程”等3个江苏省高校重点实验室，“现代审计发展研究中心”、“金融风险管理研究中心”等2个江苏省人文社科重点研究基地，“审计信息工程与技术协同创新中心”江苏高校协同创新中心（培育点）；“现代审计理论与方法”、“区域金融创新研究”、“价值链分工的经济效应研究”、“马克思主义与当代中国学术发展研究”等4个江苏高校“青蓝工程”科技创新团队。

为认真落实《南京审计学院“十二五”学科建设规划》目标和任务，2013年学校开展“十二五”校级重点学科认定与遴选工作。工商管理、应用经济学、理论经济学3个硕士学位授权一级学科为校重点学科，公共管理、法学、数学、统计学4个学科为校重点培育学科，马克思主义理论、管理科学与工程、中国语言文学、计算机科学与技术、英语语言文学5个学科为校重点建设学科。经过3年建设，学校拟建成一批体现我校办学理念和特色的“特色优势学科、特色提升学科、特色培育学科”。为激发与保持重点学科的建设活力和可持续发展，此次遴选，对校级重点学科带头人进行了新老更替：一级学科带头人实行“一老一新”双带头人制度，二级学科带头人调整为45周岁以下具有较好学术潜力的年轻教师担任。

2013年7月，经国务院学位委员会第三十次会议审议（学位[2013]15号文件），我校被批准为硕士学位（学术学位）授予单位，工商管理、应用经济学、理论经济学3个一级学科被批准为授权学科。学校已开展审计学（自主设置）、会计学（含财务管理）、企业管理（含市场营销、人力资源管理）、技术经济及管理、国民经济学、区域经济学、财政学、金融学（含保险学）、产业经济学、国际贸易学、劳动经济学、统计学、数量经济学、政治经济学、西方经济学、世界经济、人口资源与环境经济学等17个二级学科硕士研究生招生与培养工作。

2011年10月，经国务院学位委员会批准，我校成为审计硕士专业学位授予单位；2014年5月，会计、金融获批为2014年增列的硕士专业学位授权点。